一個R包(IntAssoPlot)，LocusZoom圖、連鎖不平衡圖和基因結構圖一步到位
阿新 • • 發佈：2020-08-12
最近，看到Front. Genet.發了一篇文章“IntAssoPlot: An R Package for Integrated Visualization of Genome-Wide Association Study Results With Gene Structure and Linkage Disequilibrium Matrix”，主要推出了一個R包IntAssoPlot，該包整合了LocusZoom圖、連鎖不平衡圖（LD）和基因結構資訊。
往常畫LocusZoom圖和連鎖不平衡圖（LD）時需要提取相同的起始、終止位置，再分別用LocusZoom網站和haploview軟體畫。步驟多，畫起來麻煩，關鍵畫完以後還需要將他們拼在一起（看起來就不是很專業）。
IntAssoPlot包的優點是直接一步出圖。
下載、安裝很簡單：
install.packages(c("ggplot2","ggrepel","reshape2")) if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(c("SNPRelate","gdsfmt")) library(remotes) # version 2.1.0 #install_github("whweve/IntAssoPlot") install_github("whweve/IntAssoPlot",build=TRUE,build_vignettes = TRUE)
下面是IntAssoPlot包的示例資料展示：
library("IntAssoPlot")
example("IntGenicPlot")
example("IntRegionalPlot")
畫出來的基因結構、LD圖、關聯圖如下所示：
LD圖和LocusZoom圖：
下面是這個包的程式碼引數使用，作者很貼心的寫好了：
以下是上面程式碼畫出來的效果圖：
寫完這篇推文的時候，挺感慨的。有需求、有想法就可以成就一個包、一篇文獻。