flirt 是FSL的線性修正工具. 官方提供了非常豐富的呼叫方式:
- 命令Flirt可以啟動FLIRT的GUI + InvertXFM, ApplyXFM, ConcatXFM
- 命令flirt 是命令列工具
- misc flirt utilities – flirt附屬的命令列工具.

flirt是進行仿射變換的主要程式.引數包括了 -in 指定的輸入影象, -ref 指定的參考模板, -mat 指定了仿射變換(將輸入影象配準到ref模板上用的)4*4的仿射矩陣. -out 指定的是完成仿射變換後的輸出, 除此之外, flirt的參考模板也可以是一個某個NifTI檔案,要求NifTI檔案和輸入檔案的體素大小\影象尺寸相同.

要點:
1) 目標函式/代價函式加權(cost function weighting).
引數-refweight, -inweight可以用來指定目標函式或者代價函式的加權,使得代價函式在每個體素上有不同的加權值,當weight=0,就可以去除掉一些不感興趣的區域, 或者對感興趣的區域設定weight取值比較大. 注意weight和mask是不一樣的, 是因為mask可能會引入邊界偽跡,但是weight不會.

2) 自由度 (degrees of freedom)
引數-dof是指自由度, 可以設定為6或者7,或者9.
dof自由度指標更靈活的設定方式參考$FSLDIR/etc/flirtsch.

3) 插值演算法(interpolation methods)
最近鄰演算法, 一族基於正弦曲線的插值演算法(三種window型別:矩形視窗, 漢寧視窗或者Blackman視窗,視窗寬度可設定),還有樣條插值方法. 插值只有在最後的變換中有用(applyxfm),而不是在registration計算中.

4) 目標函式/代價函式(cost function)
within-modality函式的構造採用了附加正則項的最小二乘法, between-modality函式預設為Correction Ratio, 另外還有互資訊(Mutual Information)和正則互資訊(Normalised Mutual Information). 除此之外,還有BBR代價函式, 採用了模板影象的segmentation來定義邊界, 代價函式用輸入影象和模板邊界兩側的密度區別intensity difference作為優化目標.

下面給出了一條簡單的呼叫flirt的命令列語句:
flirt -in invol -ref refvol -out outvol -omat invol2refvol.mat -dof 6
這裡invol是輸入的T1影象, refvol應該是registration的模板,例如MNI152, invol2refvol.mat 是registration計算中用到的仿射變換矩陣, dof是指自由度(degrees of freedom), 可以設定為6或者7,或者9.
flirt -in newvol -ref refvol -out outvol -init invol2refvol.mat -applyxfm
還可以將之前的仿射變換矩陣作為輸入設定, 提供給flirt 命令. -init 選項就可以.

下面這條命令得到的結果在fsleyes中開啟, 可以看到
flirt -in brain_1203.nii.gz -ref MNI152_T1_1mm_brain.nii.gz -out brain_registrated.nii.gz -omat invol2refvol.mat

brain_1203 綠色
brain_registrated 紅色
MNI152 灰色