blast+的本地化構建

1.1程式下載 連結到：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

1.2安裝流程

建議安裝在非系統盤，如將下載的 BLAST 程式安裝到 E:\blast，生成 bin、doc 兩個子目錄，其中 bin 是程式目錄，doc是文件目錄，這樣就安裝完畢了。

1.3使用者環境變數設定

右 鍵點選“我的電腦”－“屬性”，然後選擇“高階系統設定”標籤－“環境變數”(圖1)，在使用者變數下方“Path”隨安裝過程已自動新增其變數值，即 “E:\Blast\bin”。 此時點選“新建”－變數名“BLASTDB”，變數值為“E:\Blast\db”(即資料庫路徑，圖2)。 

1.4檢視程式版本資訊
點選 Windows 的“開始”選單，輸入“cmd”（XP系統在執行中輸入cmd）（圖3）調出 MS-DOS 命令列，轉到 Blast 安裝目錄，輸入命令“blastn -version”即可檢視版本（圖4）：

2．blast+本地資料庫的構建

2.1 資料的獲取

法 1：直接從 NCBI或者其他資料庫網站下載所需序列做成資料庫，或者自己已有的測序資料（格式必須是 fasta，名字可以自己隨便命名，具體做法下面有說明 ）。

法 2：從NCBI中的 ftp 庫下載所需要的某一個庫或幾個庫，其連結為ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/

法 3：利用新版 blast自帶的 update_blastdb.pl進行下載，這需要安裝 perl 程式。

上述三種方法各有優缺點，前兩種下載速度較快，但是每次進行檢索都需要對資料庫進行格式化（轉化成二進位制資料），第三種方法下載速度較慢，但是是 NCBI 中已經格式化好的，在進行本地檢索時不需再進行格式化，直接用即可。

2.2資料的格式化

本文以ratwy.fasta作為查詢序列，以rat.fasta作為資料庫檔案為例進行講解。首先將rat.fasta放到E：\blast\db資料夾下，然後調出MS-DOS命令列，轉到E：\blast\db資料夾下執行以下命令：

格式化rat.fasta命令：makeblastdb.exe -in rat.fasta -parse_seqids -hash_index -dbtype prot

-in引數後面接將要格式化的資料庫，-parse_seqids, -hash_index兩個引數一般都帶上，主要是為blastdbcmd取子序列時使用，-dbtype  後接所格式化的序列的型別，核酸用 nucl，蛋白質用prot；

至此，本地資料庫已經建立完畢！！！

3．生成pssm打分矩陣

       3.1 在dos環境下進入db檔案輸入命令：psiblast -db pdbaa.fasta -in_msa k.fasta-num_iterations 3 -evalue 0.001 -out_ascii_pssm pssm2.txt

       3.2 使用python或dos命令批量呼叫3.1程式碼即可