circos配置檔案解析
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Circos 的核心就是配置檔案的編寫，在配置檔案中，包含兩個方面的內容：
- 資料
- 引數
作為一款視覺化工具，毫無疑問肯定是需要建立在資料的基礎上的。有了資料之後，如何展示，會有許多的引數需要設定和調整，這些引數就是我們需要理解和掌握的東西。
首先看一下配置檔案的一個基本示例：
這個配置檔案是我從官方提供的tutorials包中找的一個示例。對於circos的配置檔案，
#開頭的行代表註釋- 引數通過
key = value的形式進行設定 - 通過
include可以引入其他的配置檔案
由於circos 中包含的引數非常多，如果全部寫在一個配置檔案中，會顯得非常的臃腫，而且不利於管理和除錯。為了解決這樣的問題，circos 通過include 將其他檔案中的配置匯入到當前配置檔案中，這裡include
比如上面例子中的<<include ideogram.conf>>，ideogram.conf的內容如下：
在執行的過程中，<<include ideogram.conf>>這句話會直接替換成ideogram.conf檔案中的內容。通過這種include的方法，可以將一個複雜的conf 檔案，按照模組拆分成多個，方便管理和維護。
有一點需要注意的是，circos查詢配置檔案的路徑有兩種：
1. 基於當前目錄的查詢
通常情況下，軟體會自動在當前目錄查詢名為circos.conf
2. 在軟體安裝目錄代表查詢
circos的安裝目錄如下：
其中的etc目錄下儲存的是軟體的預設配置檔案，示例檔案中的<<include etc/image.conf>>就是匯入目錄下的配置。在etc目錄下的配置是軟體內建的，包括了字型，顏色，圖片等內容的設定，在沒有充分理解引數作用的前提下，不建議改動裡面的內容。
以下3個系統的配置是必須匯入的
一般寫在配置檔案的最後即可。
如此眾多的引數，circos根據功能的不同劃分成了不同的block。不同模組直接構成了如下的樹狀結構
可以看出有些模組之間存在巢狀關係，是一個父節點和子結點的關係。在右側的4個block ,是系統內建的，左側的block 是入門階段需要去掌握的。
對於block, 採用html類似的閉合標籤的寫法，比如上文中ideogram.conf的例子。
瞭解了配置檔案的整體結構，接下來就是各個擊破，詳細瞭解每個block各項引數的含義和用法即可。
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