root nbsp bin blog 信息 linux tar.gz span 都是

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生物信息很多軟件都是用java寫的，所以需要在linux上配置java運行環境。平臺上的java 是1.7x的版本，但是一些生物信息軟件（比如picard，trimmomatic,GATK,）需要更高級版本的java，所以下面的教程是下載安裝1.8x以上版本的具體步驟。 註意，這個安裝包不需要linux下的root用戶權限，普通的user也可以在自己的路徑下安裝。

下載： http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html）下載最新的java壓縮包，名字以JDK（java development Kit）

開頭

1、下載後上傳到文件夾下，如/home/user/software/java (可以用mkdir /home/user/software/java完成)； 2、解壓壓縮文件： tar zxvf jdk-8u91-linux-x64.tar.gz 生成 jdk1.8.0_91 文件夾 3、然後配置環境變量： vim ~/.bash_profile ##/etc/profile 在文本最後輸入下面三行： export JAVA_HOME=/home/gql/software/jdk1.8.0_91 export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH export CLASSPATH

=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JVA_HOME/lib/tools.jar 保存該文件。 source ~/.bash_profile

JAVA_HOME環境變量，JAVA_HOME這個環境變量的設置內容是JDK的安裝目錄，比如說您的JDK安裝在d:/jdk1.6.0這個目錄下，請您查看一下這個目錄下是不是有一個子目錄bin，bin目錄中是不是有java.exe這個文件，如果 是，那麽您的JAVA_HOME環境變量的內容應該為d:/jdk1.6.0。

classpath環境變量，是當我們在開發java程序時需要引用別人寫好的類時，要讓java解釋器知道到哪裏去找這個類。通常，sun為我們提供了一些額外的豐富的類包，一個是dt.jar，一個是tools.jar

，這兩個jar包都位於c:/jdk1.3/lib目錄下，所以通常我們都會把這兩個jar包加到我們的classpath環境變量中

set classpath=.;c:/jdk1.3/lib/tools.jar;c:/jdk1.3/lib/dt.jar。 註重對於jar包，在classpath中需要跟上完整地文件路徑，而不能僅僅跟一個目錄。第一個路徑的點“.”，代表當前目錄，這樣當我們運行java AClass的時候，系統就會先在當前目錄尋找AClass文件了

4、測試

echo $JAVA_HOME
echo $PATH
echo $CLASSPATH

java -version

8、Linux下配置Java環境