測序分析軟件-phred的安裝
阿新 • • 發佈:2017-05-28
就會 des 自帶 red 獲得 install zxvf port 文件
1.進入phred官網,給作者寫信,獲得所需的軟件,大約需要兩三天的時間即可收到回信。
2.根據作者的指示下載,解壓相應軟件。
3.以筆者本人的安裝為例unbuntu系統(phred自帶的installtion太麻煩了)
4.新建文件夾:
mkdir phred
5:將下載的壓縮文件移到新建的文件夾中:
mv phred-dist-071222.c-acd.tar.gz
6.解壓文件
tar -zxvf phred-dist-071220.c-acd.tar.gz
7.編譯一下:
make
8:添加環境變量:
在home目錄下:vi .bashrc添加一下三行內容:
export PATH=/home/lmt/desktop/phred:$PATH
PHRED_PARAMETER_FILE=/home/lmt/desktop/phred/phredpar.dat
export PHRED_PARAMETER_FILE
9:激活剛添加的環境變量:
source .bashrc
10:檢驗一下我們安裝的Phred是否安裝好了及環境變量添加好了
在任何路徑下(非phred所在路徑)輸入一下命令:
phred -help
如果安裝正確,路徑添加正確,就會出現phred的用法提示。
11:安裝完成。
測序分析軟件-phred的安裝