RDKit | 從ChEMBL資料庫提取大分子HELM單體（XML轉換為DataFrame並搜尋部分結構)
阿新 • • 發佈：2020-12-05
研究大分子的HELM表示。HELM具有分層結構，並結合了單體來代表聚合物（例如肽）。
HELM的特徵是其表達的可擴充套件性，還可以通過將原始單體新增到單體庫中來表達不自然的結構。
另一方面，由於HELM表示式使用縮寫（ID），所以如果不共享單體庫，則存在指定具有相同ID的不同單體的風險，因此瞭解單體庫很重要。
找出什麼樣的單體資訊儲存在，這是HELM也處理的熟悉的資料庫。
具體旨在讀取檔案中提供的單體庫，並將其轉換為Pandas DataFrame。
匯入庫
import xml.etree.ElementTree as ET tree = ET.parse('chembl_27_monomer_library.xml') root = tree.getroo